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Pour lutter contre les symptômes d'une colopathie fonctionnelle, comme médicaments il est judicieux de prendre des anti-spasmodiques qui diminuent les douleurs dues aux spasmes : il existe des présentations de comprimés « lyoc » qui fondent sous la langue, pratiques à prendre et efficaces en cas de crise.
Des antidiarrhéiques sont prescrits si une diarrhée est présente.
Au contraire, en cas de constipation, des laxatifs sont nécessaires mais il faut éviter les laxatifs à base de plantes (bourdaine, séné, …) qui contiennent des produits toxiques comme la phénolphtaléine, l’anthraquinone ; en effet, ces produits sont toxiques pour la muqueuse intestinale et provoquent à long terme la maladie des laxatifs : c’est une colite avec une constipation opiniâtre associée à des fausses diarrhées.
Le charbon activé ainsi que les produits à base d’argile sont des pansements qui tapissent les muqueuses du tube digestif et peuvent soulager les irritations.
Parfois des anxiolytiques sont nécessaires si des crises invalidantes sont dues à l’anxiété.