Un traitement semble efficace contre le syndrome de fatigue chronique : des suppléments de cortisol, une hormone sécrétée habituellement par la glande surrénale. Des chercheurs ont également obtenu des résultats prometteurs avec des doses de magnésium, qui offre aux malades un meilleur niveau d’énergie, une amélioration de leur état émotionnel et une diminution des douleurs liées à la fatigue chronique.
Enfin, dernièrement, des tests assez probants ont permis de démontrer l'efficacité de la vitamine B 12 pour lutter contre ce syndrome.
Mais un traitement complet n'ayant pas été encore été découvert, de nombreux patient se sont tournés vers d’autres thérapies pour venir à bout de la fatigue chronique. Une méthode en particulier semble donner des résultats assez positifs : la thérapie comportementale et cognitive. Cette méthode fondée sur l'apprentissage de nouveaux comportements à partir de l'élaboration de nouvelles pensées permet à certains patients de voir disparaître leur syndrome de fatigue chronique.